Language:

  • Greek
  • English (United Kingdom)

ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ

bio_ximeia_top

         Επιλογές
1. Γενικές Πληροφορίες 6. Διατριβές
2. Ερευνητικά Ενδιαφέροντα 7. Φωτογραφικό Υλικό
3. Προσωπικό 8. Συνδέσεις
4. Ερευνητικά προγράμματα 9. Επικοινωνία
5. Δημοσιεύσεις    

1. Γενικές Πληροφορίες:

 

Οι νέες και επαναστατικές τεχνολογίες που έχουν εισαχθεί στο χώρο των Βιοεπιστημών, (NextGenerationSequencing, Πρωτεωμική, Μεταβολομική) ειδικά τα τελευταία πέντε χρόνια έχουν οδηγήσει σε ένα τεράστιο όγκο δεδομένων από διάφορες πηγές. Αυτά τα δεδομένα είναι πλέον απολύτως αναγκαίο να γίνουν διαχειρίσιμα, προσβάσιμα, να ενσωματωθούν και να αναλυθούν με υπολογιστικές μεθόδους. ‘Ετσι κατοχυρώνεται η προσαρμογή των Βιοεπιστημών στις τεχνολογίες και απαιτήσεις του 21ου αιώνα, του αιώνα της πληροφορίας. Με τη βοήθεια της Βιοπληροφορικής επιτυγχάνεται η μετάβαση από την παραγωγή δεδομένων στην εξαγωγή πληροφορίας που στη συνέχεια θα «ζυμωθεί» σε γνώση του πώς λειτουργούν τα βιολογικά συστήματα. Το εργαστήριο Βιοπληροφορικής λειτουργεί από το 2010 και ιδρύθηκε με το ΦΕΚ: 511/3.4.2015.

 

Στο εργαστήριο οι φοιτητές εκπαιδεύονται πρωτίστως στα Linuxκαι PERL. Επίσης χρησιμοποιούνται και άλλες γλώσσες προγραμματισμού, ανάλογα με το θέμα της εργασίας και την ειδίκευση του φοιτητή, όπως Java, Javascript, VisualBasic, SQL, PHP, GraphDatabases, Matlab. Οι εργασίες των φοιτητών μπορεί να εστιάζουν i) στην ανάλυση βιολογικών δεδομένων με υπάρχοντα προγράμματα βιοπληροφορικής (π.χ. φυλογενετική, φυλογενωμική, ανασυνδυασμό ιικών γονιδιωμάτων, NextGenerationSequencing, δεδομένα φωσφοπρωτεομικής), ή ii) στην ανάπτυξη υπολογιστικών εργαλείων (αναγνώριση πρωτεϊνικών μοτίβων, γενοτύπιση και εντοπισμός ιικών ανασυνδυασμών, δημιουργία βάσεων δεδομένων, πρόβλεψη θέσεων φωσφορυλίωσης με μηχανική μάθηση/τεχνητή νοημοσύνη κτλ.) ή iii) σε συνδυασμό των i & ii.

 

2. Ερευνητικά Ενδιαφέροντα:

Τα ερευνητικά ενδιαφέροντα του εργαστηρίου εστιάζονται σε τρεις μεγάλες θεματικές ενότητες. Η πρώτη περιλαμβάνει την ανάλυση μικροβιακών γονιδιωμάτων (από ιούς, προκαρυώτες και μήκυτες). Η δεύτερη περιλαμβάνει την ανάλυση δεδομένων πληθυσμιακής γενετικής με τεχνολογίες Next Generation Sequencing, σε οικολογικά σημαντικούς οργανισμούς. Η τρίτη περιλαμβάνει την ανάλυση δεδομένων φωσφοπρωτεομικής από όλα τα βασίλεια της ζωής.

3. Προσωπικό:

Φοιτητές:

  • Παναγιώτης Βλασταρίδης, διδακτορικός φοιτητής. Οργάνωση και ανάλυση βιολογικών δεδομένων μεγάλης κλίμακας από διάφορες πηγές. Σε συνεργασία με τους Prof. Oliver, Cambridge University, UK, Prof. Van de Peer, VIB/UGent, Belgium, Δρ. Στρατίκο, ΕΚΕΦΕ Δημόκριτος.
  • Ανάργυρος Χαλιώτης, μεταπτυχιακός φοιτητής. Εξέλιξη tRNA συνθετασών. Σε συνεργασία με τον Καθ. Κ. Σταθόπουλο, Πανεπιστήμιο Πατρών.
  • Μιχάλης Τσιμπίδης, μεταπτυχιακός φοιτητής. Ανασυνδυασμοί ιικών γονιδιωμάτων. Σε συνεργασία με τον Καθ. Π. Μαρκουλάτο, Τμήμα Βιοχημείας και Βιοτεχνολογίας.
  • Πελαγία Κυριακίδου, μεταπτυχιακή φοιτήτρια. Εξόρυξη δεδομένων φωσφοπρωτεομικής από την βιβλιογραφία.

4. Ερευνητικά Προγράμματα: 

  • Filtering, Annotation and Bioinformatics analyses of high-throughput Phosphoproteomic data (FAB-PHOS). Principal Investigator: GD Amoutzias. ΓΓΕΤ - Αριστεία ΙΙ.
  • Bioinformatic analysis of human genomic and phosphoproteomic data. Principal Investigator: GD Amoutzias. Επιτροπή Ερευνών Πανεπιστημίου Θεσσαλίας.


5. Δημοσιεύσεις:

29) Katsiani, A.T., Maliogka, V.I., Amoutzias, G.D., Efthimiou, K.E., Katis, N.I. Insights into the genetic diversity and evolution of Little cherry virus 1.

Plant Pathology 2015, 64 (4), pp. 817-824

28) Kyriakopoulou Z, Bletsa M, Tsakogiannis D, Dimitriou TG, Amoutzias GD, Gartzonika C, Levidiotou-Stefanou S, Markoulatos P. Molecular epidemiology and evolutionary dynamics of Echovirus 3 serotype. Infect Genet Evol. 2015 Jun;32:305-12.

27) Kyriakopoulou Z, Pliaka V, Amoutzias GD, Markoulatos P. Recombination among human non-polio enteroviruses: implications for epidemiology and evolution. Virus Genes. 2015 Apr;50(2):177-88

26) Tsakogiannis D, Kyriakopoulou Z, Ruether IG, Amoutzias GD, Dimitriou TG, Diamantidou V, Kotsovassilis C, Markoulatos P. Determination of HPV16 physical status through E1/E6 and E2/E6 ratio analysis. J Med Microbiol. 2014 Sep 11. pii: jmm.0.076810-0.

25) Ruether IG, Dimitriou TG, Tsakogiannis D, Kyriakopoulou Z, Amoutzias GD, Gartzonika C, Levidiotou-Stefanou S, Markoulatos P. Characterization of novel intergenogroup and intergenotype recombinant noroviruses from central Greece. Mol Cell Probes. 2014 Aug;28(4):204-10.

24) Tsakogiannis D, Darmis F, Gortsilas P, Ruether IG, Kyriakopoulou Z, Dimitriou TG, Amoutzias G, Markoulatos P. Nucleotide polymorphisms of the human papillomavirus 16 E1 gene. Arch Virol. 2014 Jan;159(1):51-63.

23) Tsakogiannis D, Kyriakopoulou Z, Amoutzias G, Ruether IG, Dimitriou TG, Panotopoulou E, Markoulatos P. Identification of novel E6-E7 sequence variants of human papillomavirus 16. Arch Virol. 2013 Apr;158(4):821-8.

22) Stagos D, Amoutzias GD, Matakos A, Spyrou A, Tsatsakis AM, Kouretas D. Chemoprevention of liver cancer by plant polyphenols. Food Chem Toxicol. 2012 Jun;50(6):2155-70.

21) Cock MJ, Sterck L, Rouzé P, Scornet D, Allen AE, Amoutzias G, et al. The Ectocarpus Genome and Brown Algal Genomics. The Ectocarpus Genome Consortium. Advances in Botanical Research. 2012. Volume 64, 2012, Pages 141-184

20) Amoutzias GD, He Y, Lilley KS, Van de Peer Y, Oliver SG. Evaluation and properties of the budding yeast phosphoproteome. Mol Cell Proteomics. 2012 Jun;11(6):M111.009555.

19) Cock MJ, Sterck L, Rouzé P, Scornet D, Allen AE, Amoutzias G, et al. The Ectocarpus genome and the independent evolution of multicellularity in brown algae. Nature. 2010 Jun 3;465(7298):617-21.

18) Amoutzias GD, He Y, Gordon J, Mossialos D, Oliver SG, Van de Peer Y. Posttranslational regulation impacts the fate of duplicated genes. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 Feb 16;107(7):2967-71.

17) Mossialos D, Amoutzias GD. Role of siderophores in cystic fibrosis (CF) pathogenesis: foes or friends? Int J Med Microbiol. 2009 Feb;299(2):87-98.

16) Amoutzias GD, Robertson DL, Van de Peer Y, Oliver SG. Choose your partners: Dimerization in eukaryotic transcription factors. Trends Biochem Sci. 2008 May;33(5):220-9.

15) Amoutzias GD, Van de Peer Y, Mossialos D. Evolution and taxonomic distribution of non-ribosomal peptide and polyketide synthases. Future Microbiol. 2008 Jun;3:361-70.

14) Amoutzias G, Van de Peer Y. Together we stand: genes cluster to coordinate regulation. Dev Cell. 2008 May;14(5):640-2.

13) Pinney JW, Amoutzias GD, Rattray M, Robertson DL. Reconstruction of ancestral protein interaction networks for the bZIP transcription factors. Proc Natl Acad Sci U S A. 2007 Dec 18;104(51):20449-53

12) Pampalakis G, Arampatzidou M, Amoutzias G, Kossida S, Sotiropoulou G. Identification and analysis of mammalian KLK6 orthologue genes for prediction of physiological substrates. Comput Biol Chem. 2007 Nov 29

11) Mossialos D, Amoutzias G. Siderophores in fluorescent pseudomonads: new tricks from an old dog. Future Microbiol. 2007 Aug;2:387-95.

10) Amoutzias GD, Pichler EE, Mian N, De Graaf D, Imsiridou A, Robinson-Rechavi M, Bornberg-Bauer E, Robertson DL, Oliver SG. A protein interaction atlas for the nuclear receptors: Properties and quality of a hub-based dimerisation network. BMC Syst Biol. 2007 Jul 31;1(1):34.

9) Holden BJ, Pinney JW, Lovell SC, Amoutzias GD & Robertson DL. An exploration of alternative visualizations of the basic helix-loop-helix protein interaction network. BMC Bioinformatics. 2007 Aug 6;8(1):289.

8) Amoutzias G, Veron A, Weiner A, Robinson-Rechavi M, Bornberg-Bauer E, Oliver S, Robertson D. One Billion Years of bZIP Transcription Factor Evolution: Conservation and Change in Dimerization, and DNA-Binding Site Specificity. Mol Biol Evol. 2006 Dec 28.

7) Amoutzias GD, Bornberg-Bauer E, Oliver SG, Robertson DL. The Reduction/oxidation-phosphorylation control of the DNA binding of the bZIP family is linked with its dimerization network. BMC Genomics 2006 May 4;7:107

6) Podowski RM, Cleary JG, Goncharoff NT, Amoutzias G, Hayes WS. Suregene, a scalable system for automated term disambiguation of gene and protein names. J Bioinform Comput Biol. 2005 Jun;3(3):743-70.

5) Amoutzias GD, Weiner J, Bornberg-Bauer E. Phylogenetic profiling of protein interaction networks in eukaryotic transcription factors reveals focal proteins being ancestral to hubs. Gene. 2005 Feb 23

4) Amoutzias GD, Robertson DL, Oliver SG, Bornberg-Bauer E. Convergent evolution of gene networks by single-gene duplications in higher eukaryotes.. EMBO Rep. 2004 Mar;5(3):274-9.

                   Commented in       http://www.nature.com/embor/journal/v5/n4/full/7400129.html

                                               http://www.corante.com/loom/archives/2004/02/

                   Awarded in            http://www.manchester.ac.uk/press/title,47250,en.htm

3) Amoutzias GD, Robertson DL, Bornberg-Bauer E. The evolution of protein interaction networks in regulatory proteins. Comp Func Genomics 2004; 5: 79-84

2) Podowski RM, Cleary JG, Goncharoff NT, Amoutzias G, Hayes WS. AZuRE, a scalable system for automated term disambiguation of gene and protein names. Proc IEEE Comput Syst Bioinform Conf. 2004;:415-24.

1) Imsiridou A, Hardy H, Maudling N, Amoutzias G, Zaldivar Comenges JM. Web database of molecular genetic data from fish stocks. J Hered. 2003 May-Jun;94(3):265-7.

 

6. Διατριβές: 

Πτυχιακές διατριβές

 

  • Τσιμπίδης Μ. 2014. Γονιδιωματική και εξελικτική ανάλυση ανθρώπινων εντεροϊών με μεθόδους Βιοπληροφορικής.
  • Χαλιώτης Α. 2012. Ανίχνευση μικροβιακών t-RNA συνθετασών με μεθόδους Βιοπληροφορικής.

Μεταπτυχιακές διατριβές

  • Τσούχλου Π. 2015. Βιοπληροφορική και εξελικτική ανάλυση δεδομένων RNA-Sequencing από Δίθυρα.
  • Χαλυβοπούλου Π. 2014. Βιοπληροφορική ανάλυση μικροβιακών γονιδιωμάτων / μεταγονιδιωμάτων από δεδομένα νέων τεχνολογιών αλληλούχισης (NextGenerationSequencing).
  • Σίνη Χ. 2013. Βιοπληροφορική ανάλυση ανθρώπινου εξονιώματος από δεδομένα τεχνολογιών αλληλούχισης νέας γενιάς.
  • Δοξαρά Α. 2012. Βιοπληροφορική μελέτη μιτοχονδριακών γενετικών δικτύων και συναφών ασθενειών από δεδομένα γονιδιωματικής και βιολογίας συστημάτων.

7. Φωτογραφικό Υλικό: 

     

 

8. Συνδέσεις:

 
 

9. Επικοινωνία:

 Επ. Καθηγητής Γρ. Αμούτζιας
Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας
Τμήμα Βιοχημείας και Βιοτεχνολογίας
Βιόπολις
41500 Λάρισα
Τηλ. 2410-565289
Φαξ. 2410-565290
 

Σχετικά με το δικτυακό τόπο:
-------------------------------------------------
Υπεύθυνοι Ιστοσελίδας: Καθ. Δ. Λεωνίδας & Eπ. Καθ. Γρ. Αμούτζιας
Επιμέλεια: Αναστασία Παπαδοπούλου - Διοικητική Υπάλληλος Π.Θ.

Ανάπτυξη - Επέκταση: itbiz
Τελευταία επέκταση: Σεπτέβριος 2010

Στατιστικα

Μέλη : 3
Περιεχόμενο : 271
Σύνδεσμοι : 71
Εμφανίσεις Περιεχομένου : 2337744
Έχουμε 50 επισκέπτες συνδεδεμένους

Εικονες

ad1.jpg
  • Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας
  • Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας
  • Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας
escort ankara porno izle sikiş ukash